Kwa kuwa alielewa vizuri sana Kilatini na Kigiriki, Erasmus alianza kulinganisha tafsiri za Biblia za Kilatini, kama vile Vulgate, na nakala za kale za Maandiko ya Kigiriki, ambayo kwa kawaida hujulikana kuwa Agano Jipya. Uchunguzi huo ulimfanya aamini kwamba ujuzi wa Biblia ni muhimu. Hivyo, aliamini kwamba Maandiko Matakatifu yalipaswa kutafsiriwa katika lugha zilizozungumzwa na watu wengi wa siku hizo.

Erasmus alichochea mabadiliko katika Kanisa Katoliki kwa kuwa aliamini kwamba Ukristo unapaswa kuwa njia ya maisha wala si maadhimisho ya kidesturi yasiyo na maana yoyote. Kwa hiyo, wanaharakati walipoanza kuandamana na kudai mabadiliko ya Kanisa Katoliki, Kanisa lilianza kumtilia shaka Erasmus.

Katika machapisho yake, Erasmus alifunua waziwazi upotoshaji wa viongozi wa kidini, mfumo wao wa maisha uliojaa ubinafsi, na nia ya mapapa, ambao waliunga mkono vita. Alikuwa tofauti na viongozi wa kanisa wafisadi ambao walitumia desturi za kanisa kama vile kuungama dhambi, ibada ya watakatifu, kufunga, na safari za kwenda hija, ili kuwakandamiza waumini. Pia, alipinga mazoea ya kanisa kama vile kulipa pesa ili kufanyiwa maombi ya kupata msamaha na katazo la kufunga ndoa.

Katika mwaka wa 1516, Erasmus alitoa tafsiri yake ya kwanza ya Agano Jipya katika Kigiriki, yaani, nakala ya kwanza ya Maandiko ya Kigiriki ya Kikristo kuchapishwa. Tafsiri hiyo ilitia ndani maelezo ya ziada na tafsiri yake ya Maandiko ya Kigiriki ya Kikristo katika Kilatini na ilitofautiana na Vulgate. Kadiri wakati ulivyopita aliendelea kurekebisha upya tafsiri yake, hivyo, toleo la mwisho lilikuwa tofauti sana na tafsiri ya Latin Vulgate.

Tofauti moja ilikuwa katika andiko la 1 Yohana 5:7. Ili kuunga mkono fundisho la utatu ambalo halitokani na Maandiko, maneno fulani yanayofahamika kuwa comma Johanneum, yaliongezwa katika andiko hilo kwenye tafsiri ya Vulgate. Yalisomeka hivi: “Mbinguni, Baba, na Neno, na Roho Mtakatifu: na watatu hawa ni umoja.” Hata hivyo, Erasmus aliondoa maneno hayo katika matoleo yake mawili ya kwanza ya tafsiri ya Agano Jipya kwa kuwa hayakupatikana kwenye nakala za awali za Kigiriki. Baadaye, kanisa lilimshinikiza arudishe maneno hayo kwenye toleo la tatu la tafsiri yake.

Matoleo yaliyoboreshwa ya tafsiri ya Maandiko ya Kigiriki ya Erasmus yalitumiwa kutafsiri Maandiko katika lugha zingine barani Ulaya. Martin Luther alitumia matoleo hayo kutafsiri Maandiko ya Kigiriki katika Kijerumani, William Tyndale katika Kiingereza, Antonio Brucioli katika Kiitaliano, na Francisco de Enzinas katika Kihispania.

Erasmus aliishi kipindi chenye msukosuko mkubwa sana wa masuala ya kidini, na tafsiri yake ya Agano Jipya iliwasaidia sana wanaharakati Waprotestanti. Hata baadhi ya watu walimwona kuwa mwanaharakati mpaka Mabadiliko halisi yalipoanza. Erasmus alikataa kuunga mkono upande wowote katika mabishano ya kidini yaliyotokea baadaye. Zaidi ya miaka 100 iliyopita, msomi mmoja anayeitwa David Schaff aliandika kwamba Erasmus “alipokufa hakuwa akiunga mkono upande wowote. Iwe Wakatoliki au Waprotestanti, hakuna anayeweza kudai kwamba alikuwa upande wao.”