Постојале су различите теорије о узроку овог обољења, али нико није решио мистерију. Сви покушаји да се смањи стопа смртности били су узалудни. Семелвајса је погодио призор бројних мајки које умиру спором и мучном смрћу и одлучио је да то оконча тако што ће наћи узрок.

Клиника на којој је Семелвајс радио имала је два одељења, а необично је било то што је број смртних случајева код породиља на првом одељењу био много већи него на другом. Једина разлика између та два одељења је била та што су на првом обучавани студенти медицине, а на другом се одвијала обука за бабице. Зашто је постојала толика разлика у броју смртних случајева? У потрази за одговором, Семелвајс је систематски елиминисао могуће узроке болести, али је мистерија остала нерешена.

Почетком 1847, клупко је напокон почело да се одмотава. Семелвајсов колега и пријатељ Јакоб Колечка је приликом једне аутопсије задобио рану и након тога умро од тровања крви. Семелвајс је прочитао извештај са аутопсије Колечкиног тела и схватио да су неки детаљи исти као у случају жртава бабиње грознице. Зато је помислио да су „отрови“ са лешева изазивали обољење  код трудница. Лекари и студенти су често пре одласка на породиљско одељење обављали аутопсије, и тако су несвесно преносили заразу трудним женама током акушерских прегледа или порођаја! Стопа смртности на другом одељењу је била нижа јер они који су били обучавани за бабице нису обављали аутопсије.

Семелвајс је одмах увео строго правило прања руку, што је значило да се руке дезинфикују у хлорисаном раствору пре сваког прегледа труднице. Резултат је био запањујућ: стопа смртности је нагло пала са 18,27 процената у априлу на 0,19 до краја године.

Међутим, нису се сви радовали његовом успеху. Резултати до којих је дошао довели су у питање теорије о бабињој грозници које је имао његов надређени, коме је уједно сметала Семелвајсова упорност. Игнац је тако остао без посла и вратио се у Мађарску. Тамо је почео да ради као надгледник акушерског одељења у болници Сент Рок у Пешти, где је његовим методама стопа смртности у случајевима бабиње грознице смањена на мање од 1 процента.

Семелвајс је 1861. објавио књигу у којој је описао своја истраживања и открића о узроку и превенцији бабиње грознице (The Cause, Concept, and Prophylaxis of Childbed Fever). Нажалост, значај његових открића препознат је тек неколико година касније. До тада су трагично изгубљени бројни животи који су могли бити спасени.

Семелвајс је касније признат за једног од очева савремене употребе антисептика. Захваљујући његовом раду, утврђено је да честице које се не могу видети голим оком могу проузроковати болест. Он је међу онима који су допринели утврђивању теорије о ширењу болести путем микроорганизама, која се сматра „најважнијим открићем у области медицине“. Вредно је помена то да је пре више од 3 000 година Мојсијев закон, који је касније постао део Библије, већ садржао јасна упутства за правилно поступање са лешевима.