Почетком 1942, јапанска војска је силовито преузела контролу над Индонезијом. Многа браћа су била приморана на тежак физички рад — да граде путеве и копају ровове. Друга су била послата у логоре у којима су владали ужасни услови и била подвргнута мучењу јер нису хтела да учествују у рату. Најмање тројица браће су умрла у затвореништву.

Једна сестра холандског порекла, Јохана Харп, која је живела у забаченом планинском селу у Источној Јави, успела је да избегне логоре прве две  године рата. Она и њено троје деце тинејџерског узраста користили су своју слободу да преводе књигу Спасење и часопис Стражарску кулу са енглеског на холандски. * Преведене публикације су затим умножаване и кријумчарене до браће и сестара широм Јаве.

Оно мало Сведока који су још увек били на слободи састајали су се по малим групама и опрезно проповедали. „Увек сам тражила прилике да неформално сведочим“, рекла је Џозефина Елајас (девојачко Тан). „Носила сам шаховску таблу када сам ишла у накнадне посете да би други мислили како само играмо шах.“ Феликс Тан и његова жена, Бола, проповедали су од врата до врата тобоже продајући сапун. „Често су нас пратили шпијуни Кемпејтаја, злогласне јапанске војне полиције“, рекао је Феликс. „Да не бисмо били сумњиви, увек бисмо у различито време долазили код особа с којима смо проучавали. Њих шесторо је одлично напредовало и крстило се током рата.“

Док су се браћа привикавала на ратне околности суочила су се с једним новим испитом вере. Јапанске власти су издале наређење да се сви странци пријаве (укључујући и Индонежане кинеског порекла) и изваде посебан лични документ према ком се заклињу на верност Јапанском царству. Многа браћа су се питала: „Треба ли да се пријавимо и потпишемо ту легитимацију или не?“

Феликс Тан је испричао: „Браћа у Џакарти су нама из Сукабумија рекла да нипошто не пристајемо на то. Али ми смо питали власти да ли бисмо  могли променити текст у легитимацији, тако да уместо ’доле потписани се заклиње на верност‘ стоји ’доле потписани неће сметати‘ јапанској војсци. За дивно чудо, добили смо дозволу, тако да смо сви прихватили легитимације. За то се сазнало у Џакарти. Тамошња браћа су нас сматрала отпадницима и нису хтела да имају ишта с нама.“

Нажалост, већина те браће са крутим ставовима завршила је у затвору и тамо се одрекла вере. Један од браће из Џакарте који је ипак остао веран, нашао се у истом затвору као и Андре Елајас. „Резоновао сам с њим о пријављивању и легитимацијама и помогао му да стекне уравнотеженије гледиште“, рекао је Андре. „Понизно је молио за опроштај што нас је одбацио. Провели смо драгоцено време заједно духовно се јачајући. Нажалост, он је умро услед стравичних услова у затвору.“

По завршетку рата, 1945, браћа и сестре су пуном паром наставили да проповедају. Један брат који је преживео затвор и тортуру писао је подружници  у Аустралији: „Ево ме опет после четири мучне године, непоколебљивог духа и истог мисаоног става. Током свих мојих невоља, нисам заборавио на браћу. Можете ли ми, молим вас, послати неколико књига?“

Дугоочекивана литература је убрзо стигла у земљу, у почетку у малим количинама, а затим у већим. Група од десет објавитеља у Џакарти наставила је да преводи публикације на индонежански.

Дана 17. августа 1945, вође индонежанског покрета независности прогласиле су Индонезију независном републиком, што је био почетак четворогодишње револуције против холандске колонијалне власти. Уследио је хаос у ком је страдало на десетине хиљада људи, а више од седам милиона је расељено.

Браћа су и током револуције проповедала од куће до куће. „Патриоте су покушавале да нас приморају да узвикујемо њихов ратни поклич ’мердека‘, што значи ’слобода‘“, рекла је Џозефина Елајас. „Али ми смо им говорили да се не мешамо у политику.“ Након дугогодишње колонијалне власти, Холандија је 1949. признала независност Републике Сједињених Држава Индонезије (сада Република Индонезија). *

До 1950, браћа у Индонезији су скоро десет година истрајавала у ратним условима. Међутим, огроман посао им је тек предстојао. Како ће објавити добру вест милионском становништву Индонезије? С људске тачке гледишта, то је деловало немогуће! Па ипак, браћа су прионула на посао и чинила све што су могла, уверена да ће Јехова послати „раднике на своју жетву“ (Мат. 9:38). Управо то је и учинио.