WHISTON também é conhecido, especialmente pelos que estudam a Bíblia, por ter traduzido para o inglês os escritos do historiador judeu do primeiro século Flávio Josefo. Esses escritos revelam muito sobre a história judaica e sobre o mundo dos primeiros cristãos.

Whiston, com seu intelecto aguçado, pesquisava assuntos variados, principalmente ciência e religião. Ele acreditava que o relato bíblico da criação é exato e que o projeto, a elegância e a ordem evidentes na natureza indicam que existe um Arquiteto divino.

Além disso, Whiston acreditava que as igrejas da cristandade tinham se fragmentado em diversas denominações porque o clero havia se desviado do que a Bíblia ensina, preferindo as tradições e os ensinos não bíblicos dos concílios da Igreja e dos chamados Pais da Igreja.

Whiston reconhecia a Bíblia como um livro que revela a verdade sobre Deus, por isso, rejeitava o conceito do tormento eterno num inferno de fogo. Ele achava esse ensino absurdo e cruel, além de um insulto a Deus. Mas seu pior atrito com as autoridades da Igreja foi ter rejeitado a Trindade, doutrina que define Deus como três pessoas coiguais e coeternas — Pai, Filho e Espírito Santo —, mas que ao mesmo tempo afirma que não são três deuses, mas um só.

Depois de cuidadosa pesquisa, Whiston concluiu que a Trindade não era ensinada pelos primeiros cristãos, mas que foi adotada mais tarde, quando a filosofia pagã se infiltrou na cristandade. * Seus amigos o alertaram dos riscos de publicar suas descobertas, mas ele não conseguia ignorar o que acreditava ser uma distorção da verdadeira natureza de Jesus — o Filho de Deus, que foi criado por Ele.

A Universidade de Cambridge não permitia que alguém que ensinasse ideias contrárias à doutrina anglicana ocupasse o cargo de Professor Lucasiano. Isso significava que Whiston poderia perder seu cargo. Apesar disso, ele não ficou calado — ao contrário de Newton, que também considerava a Trindade um ensino falso, mas não expressava publicamente suas opiniões. Whiston escreveu: “Não há nada nesse mundo . . . que me fará mudar de ideia.”

Em 1710, Whiston foi expulso de Cambridge. Quando se recusou a renunciar a suas crenças, ele “passou de acadêmico respeitado a rejeitado”. Mesmo assim, ele não se deixou intimidar. Na verdade, embora fosse acusado de heresia, ele escreveu uma série de redações chamada Primitive Christianity Revived (Ressuscitado o Cristianismo Primitivo) — “primitivo” significando o cristianismo original que era praticado pelos primeiros seguidores de Jesus. Mais tarde, Whiston fundou a Sociedade para a Promoção do Cristianismo Primitivo, que realizava reuniões na casa dele, em Londres.

Apesar de perder seu cargo e de enfrentar alguns problemas financeiros por um tempo, Whiston continuou a escrever e também a dar palestras em cafés em Londres. Para que o contexto histórico do começo do cristianismo fosse mais bem entendido, em 1737, ele publicou sua tradução dos escritos de Josefo, que tem sido impressa até hoje.

Por causa de sua atitude corajosa, porém impopular, Whiston é encarado por muitos hoje como “uma pessoa excêntrica”, disse o autor James E. Force. Mas outros o admiram como um erudito bíblico, um homem sincero em busca da verdade religiosa e determinado a viver de acordo com suas crenças.