Tänu väga heale kreeka ja ladina keele oskusele sai Erasmus võrrelda Piibli ladinakeelseid tõlkeid, nagu Vulgata, varajaste Piibli kreekakeelse osa (uue testamendi) käsikirjadega. Ta jõudis veendumusele, et Piibli tundmine on äärmiselt tähtis. Seepärast ta väitis, et pühakiri tuleks tõlkida ka teistesse tema päevil kõneldavatesse keeltesse.

Erasmuse sooviks oli katoliku kirikut seesmiselt uuendada, sest ta uskus, et kristlus peaks olema eluviis, mitte pelgalt mõttetute rituaalide järgimine. Tulemuseks oli see, et kui reformaatorid hakkasid protestima ja nõudma muudatusi katoliku kirikus, pidas kirik teda süüdlaseks.

Oma kirjutistes paljastas Erasmus satiiriliselt vaimulikkonna väärtegusid, nende toretsevat elustiili ning sõdu soosivate paavstide võimujanu. Ta erines sootuks korrumpeerunud vaimulikest, kes püüdsid kiriklike tavade kaudu – nagu pattude pihtimine, pühakute kummardamine, paastumine ja palverännakud – usklikke ära kasutada. Ta ei kiitnud heaks ka selliseid kirikus levinud kombeid nagu indulgentside ehk patukustutuskirjade müük ja pealesunnitud tsölibaat.

Aastal 1516 üllitas Erasmus oma esimese uue testamendi kreekakeelse väljaande, mis oli üldse esimene Piibli kreekakeelse osa trükiväljaanne. Selles olid tema kommentaarid ja ka tema tehtud ladinakeelne uue testamendi tõlge, mis erines Vulgatast. Aja jooksul ta parandas oma väljaannet korduvalt, nii et lõpptulemus erines ladinakeelsest Vulgatast veel rohkem.

Üks erinevusi oli tekstis 1. Johannese 5:7. Vulgata tõlkesse olid sellesse salmi omavoliliselt lisatud sõnad, mis on tuntud kui comma Johanneum, et toetada pühakirjaga vastuolus olevat kolmainuõpetust. See osa kõlab: „Taevas: lsa, Sõna ja Püha Vaim, ja need kolm on üks.” Erasmus jättis need sõnad oma esimesest kahest uue testamendi väljaandest välja, sest neid polnud mitte üheski talle kättesaadavas kreekakeelses käsikirjas. Hiljem oli ta oma kolmandasse väljaandesse siiski sunnitud need kiriku survel lisama.

Erasmuse kreekakeelse uue testamendi uuendatud väljaanded said aluseks Euroopa keeltesse tehtud parematele tõlgetele. Martin Luther, William Tyndale, Antonio Brucioli ja Francisco de Enzinas kasutasid neid Piibli kreekakeelse osa tõlgete tegemiseks vastavalt saksa, inglise, itaalia ja hispaania keelde.

Erasmus elas religioosselt pöördelisel ajal ning tema kreekakeelne uus testament oli hindamatuks abiks protestandi reformaatoritele. Mõningad pidasid ka teda reformaatoriks, kuni reformatsioon tegelikult hoo sisse sai. Sealtpeale keeldus ta edasistes teoloogilistes vaidlustes avaldamast toetust ühelegi poolele. Huvitav, et sadakond aastat tagasi kirjutas õpetlane David Schaff, et Erasmus „suri eraldatuses, kuulumata kuhugi. Katoliiklased ei tunnistanud teda omaks ning protestandid ei saanud seda teha”.