Ως δεινός γνώστης της ελληνικής και της λατινικής, ο Έρασμος μπορούσε να συγκρίνει λατινικές μεταφράσεις της Αγίας Γραφής, όπως τη λατινική Βουλγάτα, με αρχαία ελληνικά χειρόγραφα των Χριστιανικών Ελληνικών Γραφών, κοινώς γνωστών ως Καινή Διαθήκη. Πείστηκε ότι η γνώση της Γραφής ήταν ζωτική. Γι’ αυτόν τον λόγο, υποστήριξε ότι οι Άγιες Γραφές θα έπρεπε να μεταφραστούν σε άλλες γλώσσες που ήταν κοινές στην εποχή του.

Ο Έρασμος προωθούσε μια εκ των έσω ανανέωση της Καθολικής Εκκλησίας επειδή πίστευε ότι η Χριστιανοσύνη έπρεπε να είναι πορεία ζωής, όχι απλώς τήρηση ανούσιων τελετουργιών. Ως αποτέλεσμα, όταν οι μεταρρυθμιστές άρχισαν να διαμαρτύρονται και να απαιτούν αλλαγές μέσα στους κόλπους της Εκκλησίας της Ρώμης, οι Καθολικοί τον έβαλαν στο στόχαστρο.

Στα συγγράμματά του, ο Έρασμος εξέθετε με σατιρικό τρόπο τις καταχρήσεις των κληρικών, τον φανταχτερό τρόπο ζωής τους και τη φιλοδοξία που χαρακτήριζε τους πάπες οι οποίοι επικροτούσαν τους πολέμους. Διαφοροποιήθηκε από τους διεφθαρμένους κληρικούς που χρησιμοποιούσαν εκκλησιαστικούς θεσμούς—όπως την εξομολόγηση αμαρτιών, τη λατρεία των αγίων, τη νηστεία και τα προσκυνηματικά ταξίδια—για να εκμεταλλεύονται τους πιστούς. Διαφωνούσε επίσης και με πράγματα που είχαν καθιερωθεί από την εκκλησία, όπως η πώληση συγχωροχαρτιών και η υποχρεωτική αγαμία.

Το 1516, ο Έρασμος έθεσε σε κυκλοφορία την πρώτη του έκδοση της Καινής Διαθήκης στην ελληνική—το πρώτο αντίτυπο των Χριστιανικών Ελληνικών Γραφών που εκδόθηκε ποτέ. Σε αυτό το έργο του συμπεριέλαβε σχόλια, καθώς και μια δική του μετάφραση των Χριστιανικών Ελληνικών Γραφών στη λατινική, η οποία διέφερε από τη Βουλγάτα. Για κάποιο διάστημα, συνέχισε να αναθεωρεί τη μετάφρασή του, εκδίδοντας τελικά ένα κείμενο που διαφοροποιούνταν ακόμη περισσότερο από αυτό της λατινικής Βουλγάτας.

Μία από τις διαφορές ήταν στο εδάφιο 1 Ιωάννη 5:7. Προκειμένου να υποστηριχτεί η αντιγραφική διδασκαλία της Τριάδας, είχε προστεθεί στη Βουλγάτα η νόθα φράση που είναι γνωστή ως Ιωάννειο κόμμα. Εκεί αναφέρεται: «Εν τω ουρανώ, ο Πατήρ, ο Λόγος, και το Άγιον Πνεύμα· και ούτοι οι τρεις είναι εν». Εντούτοις, ο Έρασμος απέκλεισε αυτή τη φράση από τις δύο πρώτες εκδόσεις του της Καινής Διαθήκης, εφόσον δεν υπήρχε σε κανένα από τα ελληνικά χειρόγραφα στα οποία είχε ανατρέξει. Αργότερα, δέχτηκε πιέσεις από την εκκλησία και τη συμπεριέλαβε στην τρίτη έκδοση.

Βελτιωμένες εκδόσεις της Καινής Διαθήκης του Έρασμου στην ελληνική αποτέλεσαν τη βάση για να παραχθούν καλύτερες μεταφράσεις σε ευρωπαϊκές γλώσσες. Ο Μαρτίνος Λούθηρος, ο Γουίλιαμ Τίντεϊλ, ο Αντόνιο Μπρουτσιόλι και ο Φρανσίσκο δε Ενσίνας τις χρησιμοποίησαν για να μεταφράσουν τις Ελληνικές Γραφές στη γερμανική, στην αγγλική, στην ιταλική και στην ισπανική αντίστοιχα.

Ο Έρασμος έζησε σε μια κοσμοϊστορική περίοδο θρησκευτικού αναβρασμού, και η Καινή Διαθήκη του στην ελληνική θεωρήθηκε ανεκτίμητο βοήθημα για τους Προτεστάντες Μεταρρυθμιστές. Ορισμένοι θεωρούσαν και τον Έρασμο μεταρρυθμιστή, αλλά μόνο μέχρι τη στιγμή που η Μεταρρύθμιση πήρε σάρκα και οστά με τρόπο που σκόρπιζε τον φόβο. Τότε, εκείνος αρνήθηκε να ταχθεί υπέρ κάποιας πλευράς στις μεγάλες θεολογικές αντιπαραθέσεις που ακολούθησαν. Αξίζει να σημειωθεί αυτό που έγραψε πριν από 100 και πλέον χρόνια ο λόγιος Ντέιβιντ Σαφ σχετικά με τον Έρασμο: «Πέθανε απομονωμένος, χωρίς να ανήκει σε κάποιο θρήσκευμα. Οι Καθολικοί δεν ήθελαν να τον διεκδικήσουν. Οι Προτεστάντες δεν μπορούσαν».