Com que tenia un coneixement profund de grec i llatí, va poder comparar algunes traduccions llatines de la Bíblia, com la Vulgata, amb manuscrits grecs antics de les Escriptures Gregues Cristianes, o Nou Testament. Estava convençut que conèixer la veritat de la Bíblia era vital. Per això, es va esforçar per fer que les Santes Escriptures es traduïssin a les llengües comunes de la seva època.

Erasme va promoure una reforma interna de l’Església Catòlica. Per a ell, ser cristià no significava seguir per inèrcia una sèrie de costums sense sentit, sinó que era una manera de viure. Per això, quan alguns reformadors van començar a fer-se notar i van demanar canvis, l’Església catòlica el va vigilar de prop.

En els seus escrits, Erasme va denunciar de forma satírica els abusos del clergat, les seves vides fastuoses i l’ambició dels papes que donaven suport a les guerres. A més, no aprovava que els clergues corruptes utilitzessin la confessió dels pecats, l’adoració als sants, els dejunis i els pelegrinatges per aprofitar-se dels creients. Tampoc estava d’acord amb algunes pràctiques de l’Església, com ara la venda d’absolucions, o perdó de pecats, i el celibat.

El 1516, Erasme va publicar la seva primera edició impresa del Nou Testament en grec, la primera de tota la història. També hi va incloure les seves notes i la seva pròpia traducció al llatí de les Escriptures Gregues Cristianes, que diferia de la Vulgata. Amb el temps, va seguir refinant la seva pròpia versió, i el resultat va ser una traducció que encara s’allunyava més de la Vulgata.

Una d’aquestes diferències es trobava a 1 Joan 5:7. En aquest versicle la Vulgata incloïa unes paraules, conegudes com Comma Johanneum, que s’havien afegit per donar suport a la creença antibíblica de la Trinitat. El text diu: «En el cel: el Pare, el Verb, i l’Esperit Sant, i aquests tres són u». Erasme va excloure aquestes paraules a les dues primeres edicions de la seva traducció perquè no les va trobar a cap manuscrit en grec dels que havia consultat. Però l’Església el va pressionar per tal que les inclogués en la seva tercera edició.

Les versions refinades del text grec d’Erasme van servir de base per fer millors traduccions del Nou Testament als idiomes europeus. Martí Luter, William Tyndale, Antonio Brucioli i Francisco de Enzinas la van utilitzar per traduir les Escriptures Gregues a l’alemany, l’anglès, l’italià i el castellà, respectivament.

Erasme va viure al bell mig d’una gran agitació religiosa, i el seu Nou Testament en grec va ser d’un valor incalculable per als reformadors protestants. De fet, alguns el van considerar un reformador fins que va començar la Reforma. A partir de llavors, es va mantenir al marge dels debats teològics que van sorgir. L’erudit David Schaff va escriure fa més de cent anys que Erasme «va morir sol, sense prendre partit per ningú. Els catòlics no el van voler fer seu i els protestants no ho van aconseguir».