Имало различни предположения за причината за тази болест, но никой не успял да разкрие загадката. Всички опити да се намали броят на смъртните случаи, били безуспешни. Силно обезпокоен от бавната и мъчителна смърт на много майки, Земелвайс бил решен да открие причината за болестта и да я предотврати.

Към болницата, в която работел той, имало две отделни родилни клиники, но смъртността в едната клиника била значително по–висока, отколкото в другата. Единствената разлика помежду им била, че в едната се обучавали студенти по медицина, а в другата — акушери. Защо обаче имало такава разлика в смъртността? Земелвайс изследвал въпроса и постепенно изключвал възможните причинители на болестта, но отговорът все му убягвал.

В началото на 1847 г. Земелвайс попаднал на ключова следа. Неговият колега и приятел Якоб Колечка починал от отравяне на кръвта, причинено от порязване по време на аутопсия. След като прочел доклада от аутопсията, направена на Колечка, Земелвайс разбрал, че неговият случай има сходства в някои отношения със случаите на жертвите на родилна треска. Затова Земелвайс предположил, че от „отровите“ от труповете, както ги наричал той, бременните жени получавали инфекция, причиняваща  родилна треска. Лекарите и студентите по медицина, които често извършвали аутопсии, преди да влязат в родилното отделение, несъзнателно са пренасяли болестта на пациентките при преглед или израждане! Нивото на смъртността в едната клиника било по–ниско, защото студентите по акушерство не извършвали аутопсии.

Земелвайс незабавно въвел строги мерки за миенето на ръцете, което включвало и стерилизация на ръцете в разтвор на хлорна вар преди правенето на прегледи на бременни жени. Резултатите били забележителни: нивото на смъртността паднало от 18,27 процента през месец април на 0,19 процента в края на годината.

Не всички се зарадвали на успеха на Земелвайс. Резултатите му поставили под съмнение теориите на началника му относно родилната треска, който смятал неговата настойчивост за дразнеща. Земелвайс загубил работата си във Виена и се върнал в Унгария. Там поел ръководството над родилното отделение на болница „Свети Рокуш“ в Пеща, където благодарение на методите му смъртните случаи от родилна треска паднали под 1 процент.

През 1861 г. Земелвайс издал труда на живота си „Причини, концепции и профилактика на пуерпералната треска“. За съжаление откритията му били признати години по–късно. Междувременно били загубени много човешки животи.

В крайна сметка Земелвайс бил признат за един от основателите на съвременния метод за антисептика. Благодарение на неговия труд било установено, че нещо микроскопично може да причини заболяване. Той допринесъл за развитието на теорията, че микробите могат да причиняват заболявания, която била наречена „най–важното откритие за медицината“. Интересно е да се отбележи, че преди повече от 3000 години Моисеевият закон, който по–късно станал част от Библията, вече съдържал мъдри напътствия как да постъпват хората, докоснали мъртво тяло.